2013年5月9日上午10时左右，在屏东县鹅銮鼻东南方约180海里处发生一起台湾渔船遭袭事件。台渔船“广大兴28号”遭菲律宾公务船开枪射击，当场造成一名船员死亡，菲船追击射击达1小时左右，导致船只漏油，丧失动力。事发后，台湾方面、大陆方面均提出强烈抗议，要求菲方彻查事件，缉拿凶手，进行赔偿。渔船2013年5月11日凌晨3时15分被拖返小琉球。
2013年5月10日，马英九接获菲方确认袭击者为菲公务船后，决定升高因应态度，指示“外交部”立即向菲方表达强烈抗议及谴责。马英九表示，一定要追究到底，办出一个结果来，要求菲律宾政府缉凶、道歉、赔偿。5月11日，台湾当局领导人马英九召开高层会议，向菲律宾提出道歉、赔偿、惩凶、谈判四要求，促菲方72小时内回应，否则将采取冻结菲劳等措施。5月15日，菲律宾总统已任代表向遇难台湾渔民的家属以及台湾人民就这起不幸的意外死亡事件转达“他和菲律宾人民的深切遗憾与道歉。”2013年5月20日，菲律宾同意台湾调查团赴菲，并登船验枪。